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Era también un convencido protestante y tuvo que abandonar Estiria cuando el devoto católico archiduque Fernando se hizo con el control de la región y quiso eliminar de ella la influencia de la reforma. Gracias a la mediación de un noble de Estiria, el barón Hoffman, también consejero de Rodolfo II, Kepler y Brahe se entrevistaron por primera vez el 4 de febrero de 1600.

Desde el principio las relaciones entre ambos fueron tensas: Kepler era consciente de su capacidad, tenía necesidad de un cargo remunerado y planteaba exigencias que a Tycho Brahe le parecían excesivas, al mismo tiempo que no le proporcionaba acceso total a sus preciados datos.

Finalmente las cosas se arreglaron hasta el punto de que Tycho se ofreció a pagarle a Kepler el traslado desde Graz y medió con el emperador, que le concedió una residencia a la que se mudó la familia Kepler en febrero de 1601. Finalmente este fue recibido por el emperador, que le ofreció un puesto como ayudante de Brahe con el cometido concreto de recopilar unas nuevas tablas de posiciones estelares, que serían posteriormente conocidas como “Tablas Rudolfinas”