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Tras la muerte de su padre, en 1483, Copérnico, al igual que su hermano Andreas y sus hermanas Bárbara y Katharina, quedó bajo la tutela de su tío materno, Lucas Watzenrode, canónigo en la Catedral de Frauenburg y que sería posteriormente nombrado Obispo de la región de Warmia en 1489, quien orientó su educación hacia la vida clerical, primero en la escuela catedralicia de Wloclawek, con la formación humanista inicial y luego en la Universidad de Cracovia, que gozba entonces de gran reputación, en la que ingresó, junto con su hermano Andreas, en 1491
Allí siguió los acostumbrados cursos de la Facultad de Artes, estudiando Geografía, Latín, Filosofía, Matemáticas, Astronomía y Astrología, como se atestigua por las copias de algunas obras compradas por Copérnico en esa época y que se conservan todavía en la actualidad, además de cursos de Medicina y Derecho
Durante su estancia en la Universidad trabó amistad con el astrónomo Albertus de Brudzewo, quien había publicado en 1842 un comentario sobre la obra de Peurbach "Theoricae novae planetarum". Brudzewo no impartía cursos públicos de astronomía en la Universidad, sino de Filosofía, desde 1490, por lo que se cree que dio a Copérnico lecciones particulares de Astronomía
Tras varios años en la Universidad de Cracovia, hasta 1494, sin que conste la obtención de ningún título, continuó sus estudios en Italia dos años después, en 1496, en la Universidad de Bolonia, para titularse en Derecho canónico,
Además de asistir a las clases de Derecho Canónico asistió a clases de Griego, Matemáticas y Astronomía y vivió en casa de Domenico María de Novara, que era profesor de astronomía, quien le aceptó "como ayudante y colaborador